Štola Josef se nachází na levém břehu Vltavy, na katastrálním území Prostřední Lhoty, místní části obce Chotilsko v okrese Příbram ve Středočeském kraji, zhruba 50 km jižně od Prahy. Štola slouží od roku 2007 jako Centrum experimentální geotechniky Českého vysokého učení technického v Praze.