Toleranční kostel stojí na Zichpilu, bývalé humpolecké čtvrti a dnes ulici, naproti Nápravníkově stavení, se kterým tvoří skanzen Zichpil. Přes parkoviště pak sousedí s kostelem sv. Jana Nepomuckého se hřbitovem. Od roku 1963 je chráněn jako kulturní památka.
