Kostel svatého Tomáše na Malé Straně je římskokatolický farní kostel při klášteře augustiniánů poustevníků v Praze 1 na Malé Straně. Kostel zasvěcený sv. apoštolu Tomášovi byl založen již v polovině 13. století, jeho současná, vrcholně barokní podoba pochází z doby po přestavbě v první polovině 18. století.